自身免疫（autoimmunity）是在正常情况下，动物的免疫系统只对自身以外的异物抗原发生反应，但由于某些原因对自身构成成分引起免疫反应时，则称为自身免疫。
自身免疫可发生于下列两种情况：（1）像脑实质、眼球、精子等的抗原那样，通常与免疫系统隔离的抗原，由于组织的炎症及其他原因而渗出组织外，或由于淋巴细胞向组织浸润而引起免疫反应。所以，这种情况的免疫反应对个体来说尽管是自身免疫，但就免疫系统来说是同对异物抗原的免疫反应一样的。（2）参与免疫的淋巴系细胞（免疫活性细胞）虽常同自身成分接触，但后者不属于反应的对象（免疫耐受性）。可是，由于某些原因导致免疫活性细胞群的耐受性失效时，就会引起自身免疫。
